Goryczka przezroczysta jest niską (5–10 cm), wieloletnią rośliną z krótkim kłączem o nierozgałęzionej, ulistnionej łodydze. Liście są równowąskie długości 2–6 cm, a łodyga zakończona 1, 2 lub 3 rurkowatodzwonkowatymi, żółtawobiaławymi i ciemno nakrapianymi kwiatami. Kwiaty są bardzo duże w stosunku do reszty rośliny, mają od 3 do 4 cm długości co ułatwia im zwabienie, bardzo nielicznych na tej wysokości, zapylaczy. Goryczki są zapylane przez trzmiele. Owocem jest eliptyczna torebka z licznymi nasionami. Goryczka przezroczysta kwitnie w lipcu i w sierpniu.