Ssaki
Najwyżej położone (powyżej górnej granicy lasu) pasma górskie w Karpatach stanowią specyficzne środowisko charakteryzujące się ekstremalnymi warunkami klimatycznymi, takimi jak wysoka intensywność promieniowania ultrafioletowego, krótkie lata i długie zimy, ekstremalne temperatury i duże opady śniegu. Ssakiem charakterystycznym dla tego typu środowiska w Karpatach jest kozica północna (Rupicapra rupicapra), która przemierza alpejskie łąki i skaliste urwiska. Jej liczna populacja (do 9 tys. osobników) zamieszkuje najwyższe partie rumuńskich Karpat. W Tatrach (w Polsce i na Słowacji) wykształcił się odrębny endemiczny podgatunek – kozica tatrzańska (Rupicapra rupicapra tatrica). Mimo że wielkość jej populacji ulega znacznym wahaniom, to dzięki podjętym działaniom ochronnym na szczęście udało się powstrzymać niedawny znaczny spadek liczebności. Kozice żyją w stadach (zwanych kierdelami [przyp. red.]) i potrafią zwinnie i pewnie poruszać się w stromym, nierównym, skalistym terenie.
Oprócz kozicy, surowe środowisko górskie zamieszkuje również świstak alpejski (Marmota marmota). Ten ważący 7 kg gryzoń żyje w koloniach, których podstawą jest grupa rodzinna. Na położonych w piętrze alpejskim łąkach świstaki wykopują głębokie nory wśród kamieni – są to nory letnie oraz nory zimowe (w których hibernują, aby przetrwać zimę). Świstak alpejski jest reliktem z epoki lodowcowej, którego występowanie jest ograniczone wyłącznie do najwyższych europejskich łańcuchów górskich (Pireneje, Alpy i Karpaty). W Karpatach występuje w Tatrach i w wysokich górach rumuńskich (Góry Fogaraskie). Populacja tatrzańska utworzyła odrębny endemiczny podgatunek – świstak tatrzański (Marmota marmota latirostis). Innym ważnym reliktem polodowcowym, żyjącym w podobnym środowisku, jest niewielki gryzoń śnieżnik europejski (Chionomys nivalis). Skałki i ściany skalne zarówno na dużych wysokościach, jak i w ciepłych regionach krasowych stwarzają idealne warunki życia dla nietoperza mroczaka posrebrzanego (Vespertilio murinus), który wykorzystuje różne szczeliny skalne jako schronienie. Od niedawna występuje również w miastach, gdzie zasiedla budynki mieszkalne.
Duży obszar Karpat pokrywa rzeźba krasowa z licznymi jaskiniami, które stanowią ważne siedlisko zamieszkiwane przez określone gatunki ssaków. W ciepłych regionach, zwłaszcza w lasach liściastych, swoje nory w małych jaskiniach zakładają borsuki europejskie (Meles meles). Popielica szara (Glis glis) często hibernuje zagrzebana w miękkich osadach jaskiniowych (glina, piasek).
Najliczniejszą grupę ssaków jaskiniowych stanowią jednak nietoperze. W zimie jaskinie służą im jako miejsca hibernacji, gdzie mogą bezpiecznie przetrwać niekorzystne warunki klimatyczne. Zimą w jaskiniach karpackich stwierdzono występowanie ponad 20 gatunków nietoperzy. Do jednych z najważniejszych należą miejsca zbiorowej hibernacji karlika malutkiego (Pipistrellus pipistrellus). W niektórych jaskiniach ten niewielki nietoperz tworzy zimą kolonie liczące często tysiące osobników. W jednej z jaskiń na Słowacji hibernuje ponad 60 tys. nietoperzy, w rumuńskich Karpatach jest ich jeszcze więcej, bo ponad 100 tys.
W cieplejszych rejonach (południowa Słowacja, niższe pasma górskie Rumunii) niektóre gatunki nietoperzy tworzą w jaskiniach kolonie rozrodcze niejednokrotnie liczące kilkaset osobników. W tych koloniach samice wydają na świat młode i karmią je mlekiem.
Typowymi nietoperzami zamieszkującymi jaskinie są: podkasaniec zwyczajny (Miniopterus schreibersii), podkowiec śródziemnomorski (Rhinolophus euryale), nocek długopalcy (Myotis capaccinii) i nocek duży (Myotis myotis).
