Mszaki
Mszaki rosnące w siedliskach wodno-błotnych to hydro- i higrofity. Niektóre z nich są wskaźnikami czystości wód. Najczęściej występują w górnym biegu potoków, rzadko natomiast rosną w ich dolnych, bardziej zanieczyszczonych odcinkach, które przepływają przez miejscowości. W piętrze pogórza oraz w piętrach reglowych dość często pojawiają się następujące mchy: krótkosz strumieniowy (Brachythecium rivulare), ostrosz brzegowy (Rhynchostegium riparioides) i zdrojek pospolity (Fontinalis antipyretica). W piętrze subalpejskim oraz alpejskim różnorodność gatunkowa i liczebność jest większa. Często spotykanymi mszakami są przedstawiciele rodzaju moczarnik (Hygrohypnum) oraz wątrobowce z rodzaju skapanka (Scapania).
W niektórych dolinach Niżnych Tatr występuje mało widoczny mech wodny – Ochyraea tatrensis. Jest to słowacki gatunek paleoendemiczny. Rośnie na głazach w szybko płynących wodach potoków powyżej górnej granicy lasu. Jak dotąd nie odnotowano go w żadnych innych górach na świecie. Mimo że jego ochrona jest formalnie zapewniona w parku narodowym, zmiana warunków mikroklimatycznych (wysychanie strumieni podczas powtarzających się suchych lat, kwaśne deszcze itp.) może doprowadzić do zniszczenia całej populacji, która jest już dość nieliczna.
W Europie torfowiska niskie należą do krytycznie zagrożonych siedlisk, podobnie jak szereg gatunków je zasiedlających – m.in. grupa reliktów glacjalnych, takich jak mchy parzęchlin trójrzędowy (Meesia triquetra) i mszar nastroszony (Paludella squarrosa). Wiele stanowisk tych gatunków zostało zniszczonych w wyniku rekultywacji terenu lub pojawienia się wyższej roślinności, której przyczyną była zmiana stosunków wodnych. Ochrona torfowisk polega przede wszystkim na zachowaniu reżimu wodnego i przeciwdziałaniu zarastaniu tych siedlisk wyższą roślinnością.
Ze źródliskami wapiennymi związani są przedstawiciele mszaków z rodzaju źródliskowiec (Palustriella). Torfowiska, a przede wszystkim torfowiska wysokie, stanowią ostoję dla licznych gatunków borealnych. Mszaki – głównie mchy torfowce (Sphagnum spp.) – są dominującymi elementami tych siedlisk, budując zarówno ich żywą, jak i martwą biomasę. Liście torfowców zawierają dwa rodzaje komórek: mniejsze, żywe komórki zielone pełniące funkcje asymilacyjne oraz większe, martwe komórki wodonośne (występujące też w łodyżkach) o ścianach posiadających liczne otwory. W komórkach wodonośnych magazynowane są duże ilości wody co powoduje, że torfowce mają ogromne znaczenie w regulowaniu stosunków wodnych i łagodzeniu zmian klimatu.
