Jaskinie stanowią niewątpliwie ważną część bogactwa przyrodniczego Karpat. W wielu regionach przeważają skały węglanowe (wapienie, dolomity), dlatego liczbę jaskiń w całym łańcuchu karpackim szacuje się na około 10 tys. Ich powstawanie związane jest z procesem krasowienia, w którym wody opadowe stopniowo rozpuszczają węglanowe podłoże skalne. Jaskiniami powstałymi w wyniku tych procesów są jaskinie krasowe. Tworzą się one najczęściej wzdłuż szczelin tektonicznych lub pęknięć międzyławicowych. Oprócz tego istnieją również jaskinie pseudokrasowe, które powstają z kawern utworzonych w skałach krystalicznych (krzemianowych i bazaltowych).
Z ekologicznego punktu widzenia jaskinie w Karpatach znacznie różnią się między sobą w poszczególnych regionach. O ile jaskinie na niższych wysokościach i w południowych Karpatach są stosunkowo ciepłe (średnia temperatura panująca w nich to 8–12°C), o tyle jaskinie położone powyżej górnej granicy lasu są z natury zimne i charakteryzują się dużą zmiennością mikroklimatu (przeciągi, temperatura w okolicach 0°C, dostępność wejść uzależniona od wysokości pokrywy śnieżnej), co ma wpływ na bytowanie dzikich zwierząt. (Na mikroklimat jaskiń mocno oddziałuje ich morfologia. W jaskiniach dynamicznych posiadających dwa lub więcej otworów istnieje stały przepływ powietrza przez korytarze, a ich mikroklimat jest zmienny i bardziej zależny od sezonowych zmian na powierzchni. W jaskiniach statycznych, o jednym otworze, mikroklimat jest bardziej stabilny i mniej uzależniony od warunków panujących na zewnątrz [przyp. red.]).
W jaskini można znaleźć dwa różne rodzaje środowiska. Pierwsze w części wejściowej znajdującej się w zasięgu światła słonecznego, a drugie w części wewnętrznej, gdzie światło słoneczne nie dociera. To ostatnie określane jest również jako strefa afotyczna. Miejsca bezpośrednio pod ścianami skalnymi lub przy wejściach do jaskiń zapewniają odpowiednie warunki dla roślin jednorocznych i dwuletnich, które czasami tworzą tam rzadkie reliktowe zbiorowiska roślinne.
Stały brak światła jest najważniejszym czynnikiem ekologicznym w jaskiniach. U zwierząt żyjących wyłącznie w takim środowisku skutkuje np. brakiem pigmentu (dlatego ciało tych gatunków jest często bezbarwne lub białe), a także zmianami w anatomii (np. uwstecznienie narządu wzroku). Organizmy przystosowane do życia wyłącznie w jaskiniach nazywamy troglobiontami. (Większość gatunków wysoko wyspecjalizowanych i przystosowanych do podziemnego trybu życia jest reliktami pochodzącymi z sprzed epoki lodowcowej [przyp. red.]). Podstawowym czynnikiem, który umożliwił ich przetrwanie do naszych czasów był brak zlodowacenia, co wyjaśnia dlaczego zwierzęta te praktycznie nie występują w Karpatach Zachodnich, z wyjątkiem obszarów najbardziej wysuniętych na południe (Słowacki Kras i Góry Bukowe). Jednocześnie gatunki te wykazują wysoki wskaźnik endemizmu. Przykładowo, zasięg występowania niektórych chrząszczy z rodzaju Duvalius jest ograniczony do jednej jaskini. Jaskinie upodobały sobie zarówno bezkręgowce jak i kręgowce – nietoperze (Chiroptera) wykorzystują jaskinie przede wszystkim do hibernacji, ale można w nich również znaleźć kolonie rozrodcze tych ssaków. Puszczyk (Strix aluco) nierzadko zajmuje duże wejścia do jaskiń i wychodnie skalne, gdzie można znaleźć jego wypluwki. Chociaż nie jest to powszechnie znany fakt, również salamandra plamista (Salamandra salamandra) może w okresie zimowym korzystać z odpowiednich dla niej warunków panujących przy wejściach do jaskiń.
Ze względu na heterogeniczność warunków geologicznych i geomorfologicznych w Karpatach występują różnorakie typy siedlisk skalnych. Znajdziemy je na wszystkich wysokościach, choć są bardziej powszechne na obszarach gdzie dominuje rzeźba krasowa oraz powyżej górnej granicy lasu. Pod względem morfologii są one bardzo zróżnicowane – od piargów na zboczach o różnym nachyleniu po ściany skalne o urozmaiconej powierzchni i wysokości. Na zbiorowiska roślinne tych siedlisk istotny wpływ ma skład chemiczny podłoża. Bogate w gatunki siedliska znajdują się na piargach węglanowych oraz na skałach wapiennych, dolomitowych i marglistych. Siedliska na skałach krzemianowych (tj. granitach, gnejsach, kwarcytach i melafirach) przejawiają mniejszą różnorodność gatunkową.
Warunki życia w tego typu siedliskach są trudne i wymagają szeregu specjalnych przystosowań. Na przykład rośliny na piargach są zmuszone wytrzymać ciągły ruch nieutwardzonego podłoża oraz brak gleby i wody. Na ścianach skalnych woda dostępna jest tylko okresowo – w czasie roztopów oraz opadów deszczu. System korzeniowy roślin jest zatem specjalnie przystosowany do tych warunków. Przykładowo, korzenie wawrzynka murańskiego (Daphne arbuscula), endemitu rosnącego na skalnych ścianach Murańskiej Płaniny, mogą mieć kilka metrów długości. Warto podkreślić, że w siedliskach skalnych występuje duży odsetek okazów rzadkich, endemicznych i reliktowych.
Również w królestwie zwierząt znajdziemy gatunki, które doskonale funkcjonują w skalistym środowisku. Na ciepłych piargach i skałach, nie tylko wapiennych, występuje jaszczurka murowa (Podarcis muralis). Wśród ptaków kopciuszek (Phoenicurus ochruros) zamieszkuje na różnych wysokościach, z kolei rzadko spotykanego płochacza halnego (Prunella collaris), który jest gatunkiem wysokogórskim, można zaobserwować tylko w najwyższych partiach Karpat. Ściany skalne i wejścia do jaskiń w południowych Karpatach (Rumunia) są miejscem gniazdowania jerzyka alpejskiego (Tachymarptis melba dawn. Apus melba). Świstak alpejski (Marmota marmota) potrafi natomiast wykopać swoje nory w krzemianowych piargach najwyższych pasm górskich.
Obszary położone powyżej górnej granicy lasu w najwyższych karpackich pasmach górskich (np. w Tatrach Wysokich, Małej Fatrze, Wielkiej Fatrze, Niżnych Tatrach, Retezacie, Górach Fogaraskich, Piatra Craiului) stanowią najtrudniejsze i najbardziej wymagające środowisko dla organizmów żywych. Niektóre jego fragmenty są pokryte grubą warstwą śniegu przez większą część roku, czasem nawet przez ponad dziewięć miesięcy. Na przykład na krzemianowym podłożu w zagłębieniach pod ścianami skalnymi, w żlebach i niewielkich dolinkach, na dnie niecek i zapadlisk utrzymują się zbiorowiska wyleżyskowe z roślinnością śniegolubną (chionofilną). Mchy i porosty są najlepiej przystosowane do krótkiego „górskiego lata” oraz zimnego i wilgotnego środowiska i stanowią w wielu miejscach główną pokrywę roślinną w tym surowym siedlisku. Stopniowo topniejący śnieg jest ważnym źródłem wody dla innych, na ogół rzadkich zbiorowisk rozwijających się np. na piargach w kotłach i dolinach polodowcowych.
Jeśli chodzi o zwierzęta, do gatunków spotykanych na śniegu zaliczają się, z reguły pojawiający się masowo, przedstawiciele skoczogonków np. Entomobrya nivalis czy Isotoma hiemalis.
Czasami w tych siedliskach możemy zaobserwować zielonkawe zabarwienie śniegu. To ciekawe zjawisko spowodowane jest masowym rozwojem glonów. Jednak glony takie jak np. Chloromonas rostafinskii i Koliella tatrae, które zajmują powierzchniowe warstwy letniego śniegu w Tatrach, nie zostały jeszcze dostatecznie zbadane i dlatego nie ma odpowiedzi na pytanie o ich potencjalnie endemiczne rozmieszczenie.
Te małe i nieregularne siedliska alpejskie są zagrożone przez niekontrolowany rozwój turystyki, jak również przez globalne ocieplenie, które skraca okres zalegania pokrywy śnieżnej i może prowadzić do znacznego zmniejszenia się powierzchni tych siedlisk.
W Karpatach znajduje się ponad 450 naturalnych jezior. Biorąc pod uwagę walory krajobrazowe, niewątpliwie najpiękniejsze są jeziora górskie pochodzenia polodowcowego, w Tatrach nazywane plesá (po słowackiej stronie np. Ľadové pleso, po polskiej stronie jeziora tatrzańskie są nazywane stawami np. Czarny Staw Gąsienicowy [przyp. red.]). Mają różne głębokości i rozmiary. Pod względem ekologicznym jeziora te charakteryzują się zimnymi i ubogimi
w składniki odżywcze wodami (oligotroficznymi). Warto również zwrócić uwagę na oscylacje poziomu wody w tych jeziorach. Typowymi przedstawicielami roślin wodnych w jeziorach górskich położonych na niższych wysokościach (jeziora mezotroficzne) są na przykład gatunki z rodzaju włosienicznik (Batrachium). Ważnym i krytycznie zagrożonym gatunkiem tatrzańskich jezior polodowcowych jest relikt polodowcowy – jeżogłówka pokrewna (Sparganium angustifolium).
Wysokogórskie jeziora na pierwszy rzut oka wydają się często być siedliskiem niemal zupełnie pozbawionym życia. Tymczasem posiadają one stosunkowo zróżnicowaną faunę bezkręgowców. Są wśród nich, co może dla wielu osób być zaskoczeniem, nawet gąbki (Porifera) np. nadecznik stawowy (Spongilla lacustris), a także należąca do stułbiopławów (Hydrozoa) stułbia (Hydra sp.) [przyp. red.]. W planktonie jezior polodowcowych można również znaleźć kilka reliktów polodowcowych – na przykład skorupiaka, skrzelopływkę bagienną (Branchinecta paludosa). Obecność tego gatunku w Tatrach jest niezwykła, gdyż jego stanowisko jest tu całkowicie odizolowane od głównego zasięgu występowania, którego najdalej na południe wysunięta granica znajduje się w Szwecji. Do rozwoju skrzelopływka potrzebuje specyficznych warunków m.in. wymarzania dna jeziora. (Podobnie jak to ma miejsce w płytkich wodach na dalekiej północy. Obecnie gatunek w Tatrach spotykany jest w jednym jeziorze po słowackiej stronie. Jeszcze w XX w. znana była druga populacja zamieszkująca Długi Staw Gąsienicowy po stronie polskiej ale wyginęła [przyp. red.]).
Porośnięte roślinnością brzegi (strefa litoralna) górskich jezior są wykorzystywane przez traszki w okresie rozrodu. Traszka karpacka (Lissotriton montandoni), ważny subendemit karpacki gromadzi się w wodach jezior wkrótce po stopnieniu śniegu. Samice składają jaja i umieszczają je pojedynczo w fałdach liści roślin wodnych.Porośnięte roślinnością brzegi (strefa litoralna) górskich jezior są wykorzystywane przez traszki w okresie rozrodu. Traszka karpacka (Lissotriton montandoni), ważny subendemit karpacki gromadzi się w wodach jezior wkrótce po stopnieniu śniegu. Samice składają jaja i umieszczają je pojedynczo w fałdach liści roślin wodnych.
Traszka karpacka jest niewielkim płazem ogoniastym (długość do 10 cm). Podobnie jak u innych traszek jej ciało jest wydłużone z długim, bocznie spłaszczonym (przystosowanym do pływania) i ostro zakończonym ogonem. Traszki posiadają dwie fazy cyklu życiowego (lądową i wodną), w których wygląd dorosłych osobników znacznie się różni. W fazie lądowej traszki mają matową, ziarnistą na grzbiecie skórę, natomiast w wodzie skóra traszek jest raczej gładka. Ubarwienie strony grzbietowej i boków ciała jest zmienne od jasnobrązowego do ciemnooliwkowego z ciemnymi plamkami. Brzuszna strona jest pomarańczowa lub żółta. Dymorfizm płciowy, dobrze widoczny w okresie godów, które odbywają się w wodzie. W trakcie godów, na ogonie u obu płci wykształcają się fałdy: brzuszny i grzbietowy (przypominające nieco podłużne płetwy), a na końcu ogona samca pojawia się cienka nitka o długości 8 mm. W okresie godowym płazy uzyskują też ciemniejsze i bardziej kontrastowe ubarwienie ciała.
Traszka karpacka w zbiornikach wodnych pojawia się i przystępuje do godów wczesną wiosną (na pogórzach przypada to mniej więcej na połowę marca, im wyżej tym później). Podobnie jak u innych gatunków traszek, również u traszki karpackiej, można zaobserwować ciekawe zachowania godowe. Samiec w trakcie zalotów składa na podłożu spermatofor czyli pakiet nasienia w białkowo-sacharydowej otoczce, a następnie wabi samicę za pomocą falistych ruchów ogona w taki sposób by mogła pobrać spermatofor za pomocą kloaki. Składanie jaj następuje głównie w maju i czerwcu. Jaja składane są pojedynczo i każde (jeżeli jest taka możliwość) jest osobno zawijane w liście roślin wodnych. Larwy wykluwają się po około miesiącu, a ich przeobrażenie następuje od połowy lipca do września. Po bokach głowy larwy posiadają widoczne skrzela. Wyrośnięte larwy przypominają osobniki dorosłe. Wysoko w górach larwy mogą zimować i przeobrażać się dopiero w kolejnym sezonie. Dorosłe osobniki opuszczają zbiorniki wodne już w czerwcu. W sen zimowy traszki zapadają we wrześniu lub październiku.
Traszki są drapieżnikami, ich pokarm w fazie wodnej stanowią głównie żyjące w wodzie larwy owadów m.in. komarów, ochotek, chrząszczy, chruścików, a także skorupiaki wodne. W fazie lądowej traszki żywią się głównie dżdżownicami, małymi stawonogami i ślimakami.
Salamandra plamista jest największym w Polsce płazem ogoniastym o długości dochodzącej zwykle do ok. 20 cm, a wyjątkowo nawet do ok. 30 cm. Jej ciało jest krępe, głowa szeroka i płaska, pysk zaokrąglony, a ogon walcowaty i krótszy od reszty ciała. Oczy są wypukłe, z okrągłymi źrenicami. Po obu stronach głowy znajdują się duże parotydy (gruczoły przyuszne, gruczoły jadowe skupione w okolicy zaocznej po obu stronach głowy). Skóra jest gładka, błyszcząca i pokryta licznymi brodawkami. Kontrastowe ubarwienie, czarne z nieregularnymi, dużymi, żółtymi lub żółtopomarańczowymi plamami lub pasami, pełni funkcje odstraszające i informuje potencjalnych napastników, że dany osobnik jest toksyczny. Układ plam jest inny u każdego osobnika. Spotykane, choć bardzo rzadko, są osobniki całkowicie czarne lub białe. Ubarwienia godowego brak. Dymorfizm płciowy (różnice w wyglądzie samców i samic) jest słabo zaznaczony. Samice są bardziej krępe od samców, samce natomiast mają zgrubiały u nasady ogon. Samce i samice nie różnią się ubarwieniem.
Gody mają miejsce jesienią na lądzie co jest zjawiskiem wyjątkowym wśród polskich płazów, odbywających zwykle gody wiosną w wodzie. Salamandra jest jajożyworodna co również jest niespotykane u innych polskich gatunków płazów. Rozwój larw zachodzi w jajowodach. Młode o długości ok. 3 cm, w liczbie nawet do 50, przychodzą na świat w kilku miotach wiosną (od marca do czerwca). Samica rodzi je w czystej, płynącej, płytkiej wodzie (np. na brzegu potoku) ryzykując utonięcie gdyż, w przeciwieństwie do larw, nie potrafi pływać. Młode rodzą się z rozwiniętymi dwoma parami nóg, skrzelami oraz ogonem. Są drapieżne i bardzo żarłoczne. Wyglądem przypominają larwy traszek. Żywią się drobnymi bezkręgowcami: skorupiakami, skąposzczetami, owadami. Po przeobrażeniu, które zwykle następuje po osiągnieciu ok 5 cm długości, wychodzą na ląd. Dojrzałość płciową osiągają po 3–4 latach. Średnio salamandry plamiste na wolności żyją około 10 lat (w niewoli nawet dwa razy dłużej).
Salamandra plamista prowadzi samotniczy, lądowy i skryty tryb życia. Żeruje głównie po deszczu i wieczorem. Jest powolna dlatego jej zdobyczą są zazwyczaj niezbyt szybkie bezkręgowce np. ślimaki.