Ogólny obraz różnorodności siedlisk i gatunków
Karpaty stanowią ważną ostoję dla znacznej liczby zagrożonych gatunków, takich jak np. niedźwiedź, wilk, ryś czy żbik. Stwierdzono tu 4 tys. gatunków roślin naczyniowych, co stanowi 30% flory europejskiej. Około 220 gatunków roślin to endemity których nie znajdziemy w żadnym innym miejscu na świecie.
Lasy karpackie są jednym z największych kompleksów leśnych w Europie, a ich znaczenie wykracza poza granice regionu karpackiego. Zachowały się tu rozproszone fragmenty lasów pierwotnych, unikalnych w skali całego kontynentu i łącznie porastających obszar wynoszący ponad 300 tys. ha. Z europejskiego punktu widzenia bardzo cenne i ważne są przede wszystkim pierwotne lasy bukowe i bukowo-jodłowe, które zajmują powierzchnię ponad 120 tys. ha. Wartość lasów karpackich nie tkwi jedynie w ocalałych fragmentach lasów pierwotnych, ale przede wszystkim w setkach tysięcy hektarów lasów naturalnych. Mimo ingerencji człowieka większość tych lasów zachowała swój naturalny charakter i nie została jeszcze przekształcona w intensywnie eksploatowane plantacje drzew.
Karpaty są pomostem łączącym lasy północnej i południowej Europy. Podczas epoki lodowcowej dały schronienie wielu gatunkom roślin i zwierząt, a w późniejszym okresie stanowiły korytarz ekologiczny dla gatunków migrujących do północnej i zachodniej Europy. Z tych powodów lasy karpackie stanowią obecnie ostoję wielu gatunków reliktowych i endemicznych.
Jeśli spojrzymy na mapę Karpat zobaczymy, że w porównaniu ze zbiorowiskami leśnymi, zbiorowiska łąkowe i murawowe zajmują znacznie mniejsze powierzchnie, tworząc sieć mniej lub bardziej połączonych ze sobą obszarów otoczonych lasami. Jeśli jednak dokładniej je zbadamy, możemy dojść do wniosku, że są one niczym klejnoty, które zdobią Karpaty. Najwspanialsze przykłady wielobarwnie kwitnących łąk o wysokiej różnorodności biologicznej można znaleźć na obszarach, gdzie nadal prowadzi się tradycyjną gospodarkę rolną (np. w odległych wiejskich regionach Rumunii). Jednak ten sposób gospodarowania w ostatnich latach bardzo szybko zanika.
Niektóre z siedlisk nieleśnych – na przykład ubogie w składniki odżywcze torfowiska wysokie – są już w Europie stosunkowo rzadkie, a co za tym idzie, dziesiątki a nawet setki gatunków flory i fauny straciło swoje ostoje. Wiele gatunków roślin i zwierząt całkowicie wyginęło. Karpaty należą do obszarów, na których wciąż występuje duża różnorodność siedlisk mokradłowych. Można tu znaleźć specyficzne zbiorowiska, które stanowią bezpośredni relikt epoki lodowcowej, a ich skład gatunkowy nie przypomina żadnego innego na świecie. Ogólnie Karpaty nie są jednak zbyt bogate w tereny podmokłe. Znacznie więcej tego typu obszarów znajduje się na nizinach oraz w północnych regionach Europy. Ponadto, większość gatunków związanych z terenami podmokłymi żyjących w Karpatach występuje również w innych częściach świata.
Jaskinie, różne formacje skalne, szczyty najwyższych gór, wyleżyska śnieżne, jeziora górskie, wodospady, słone gleby i torfowiska wysokie należą do siedlisk ekstremalnych. Niektóre czynniki ekologiczne, takie jak światło, temperatura, wilgotność itp. przyjmują tu wartości ekstremalne dlatego liczba gatunków roślin, a w związku z tym również zwierząt, które są w stanie żyć w tych miejscach jest ograniczona. Niektóre gatunki w toku ewolucji przystosowały się jednak do takich skrajnie nieprzyjaznych warunków życia i obecnie są one dla nich optymalne.
Karpaty nie są niezamieszkałym łańcuchem górskim, wręcz przeciwnie, znajdują się tu regiony stosunkowo gęsto zaludnione. Osiedla ludzkie i ich otoczenie stały się w związku z tym siedliskiem licznych gatunków roślin i zwierząt. Siedliska tego rodzaju można znaleźć zarówno na niewielkich, jak i na dużych wysokościach (np. schroniska górskie). W wielu miejscach obce gatunki roślin rozprzestrzeniły się z osiedli ludzkich i stały się gatunkami inwazyjnymi. Przykładem gatunku inwazyjnego jest rdestowiec ostrokończysty (Fallopia japonica), który całkowicie kolonizuje duże obszary wzdłuż strumieni i rzek wypierając z tych siedlisk rodzime gatunki roślin.
Oprócz zwierząt, które powszechnie towarzyszą człowiekowi na całym świecie, takich jak mysz domowa (Mus musculus), z osiedlami ludzkimi związane są także niektóre gatunki istotne z punktu widzenia ochrony przyrody. Proces synantropizacji (przystosowania się organizmów do życia w bezpośrednim sąsiedztwie człowieka) umożliwił im zasiedlanie obszarów poza ich pierwotnymi miejscami występowania. Typowym przykładem tej grupy organizmów są nietoperze (Chiroptera) zamieszkujące strychy starych budynków w całych Karpatach. Schronienia tego rodzaju, ze swoim mikroklimatem, stanowią odpowiednik pierwotnych naturalnych kryjówek (jaskiń) wykorzystywanych przez nietoperze w rejonach wysuniętych bardziej na południe. W Karpatach najliczniej występują podkowiec mały (Rhinolophus hipposideros) i nocek duży (Myotis myotis). W Karpatach Południowych oba te gatunki nietoperzy wolą zamieszkiwać jaskinie. Poddasza kościołów, domów i innych budynków są często również zasiedlane przez przedstawicieli popielicowatych (Gliridae), a także przez niewielkiego drapieżnika kunę domową (Martes foina). Jej obecność można rozpoznać po charakterystycznych odchodach, które ma w zwyczaju zostawiać (czasem nawet przez wiele lat) na tym samym podwyższonym miejscu. Typowym gatunkiem ptaka występującym w osiedlach ludzkich jest sowa płomykówka (Tyto alba), a w Karpatach Zachodnich niestety coraz mniej liczny jerzyk (Apus apus).
